LabDAO mapuje budoucnost open-source umělé inteligence pro objevování léků

Projekt Folding@home se během pandemie COVID-19 dostal na hlavní stránky novin, aby využil nevyužitý výpočetní výkon k prozkoumání prostoru pro hledání skládání proteinů k boji s novým koronavirem. Tato iniciativa umožnila občanům stát se samostatnými vědci a provedla rozsáhlé simulace různých molekulárních konfigurací proteinů v distribuované síti „zapsaných“ počítačů po celém světě.

Toto decentralizované paradigma bylo zvěstováno pro sbližování lidí kolem společného problému a efektivní získávání výpočetního výkonu pomocí crowdsourcingu, ale co kdyby výpočetní výkon a infrastruktura pro řešení problémů byly obráceny? Jinými slovy, co kdyby jednotlivci mohli provozovat své vlastní projekty využíváním akumulovaného výpočetního výkonu a nástroje pro biologické experimenty?

LabDAO dělá tento sen skutečností se svou platformou PLEX. PLEX je open-source nástroj příkazového řádku navržený tak, aby zpřístupnil nejen výpočetní zdroje, ale také různé nástroje biologického strojového učení (vytvořené jako sada „BioML“ v rámci LabDAO) přístupné na různých prostředích. Ať už experimentujete s dokováním malých molekul nebo vlastními simulacemi skládání proteinů, PLEX umožňuje uživatelům proniknout do knihovny nástrojů LabDAO, sdílet výsledky a vizualizovat je za méně než pět minut.

Tato sada nástrojů a její platforma umožňující použití byla představena na Zuzaluově summitu Blockchain Meets Biology na začátku dubna, kde členka základního týmu LabDAO Lily Hansen-Gillis předvedla od začátku do konce simulaci vnitřní molekulární dynamiky. protein najít svou nejstabilnější konfiguraci. Poté jako samozvaný „nekodér“ provedla publikum od začátku do konce – to vše s počítačem, WiFi, PLEX na příkazovém řádku a nic víc.

V širším měřítku je LabDAO decentralizovaná platforma s podporou webu3 (součást většího hnutí „DeSci“), která se zavázala k vytvoření produktivnějšího prostředí pro objevování léků s otevřeným zdrojovým kódem. Zpřístupněním špičkových nástrojů a zdrojů širšímu ekosystému se LabDAO snaží vytvořit správné prostředí pro transparentní a dostupné vědecké pokroky. Ať už tím, že výzkumní pracovníci eliminují potřebu mít vlastní hardware nebo výpočetní infrastrukturu, nebo zveřejňují výsledky experimentů na blockchainové knize tak, aby byly ovladatelné a reprodukovatelné, organizace se zavázala umožnit více inovací prostřednictvím spolupráce – bourání bariér způsobených špatnými použitelnost a siloed, specializované odborné znalosti.

Úsilí LabDAO vybudovat tento svět DeSci budoucnosti pro dnešek nedávno získalo podporu ve formě kola financování ve výši 3.6 milionu dolarů od různých dalších DAO, Inflection.xyz, Balaji Srinivasan a dalších. Tento příliv podpory přispěje k pokračujícímu úsilí o vybudování softwarových nástrojů s otevřeným zdrojovým kódem a posílení výzkumného ekosystému LabDAO.

Pokud jde o samotný PLEX, mezi nejbližší další kroky na obzoru patří testování platformy v různých vědeckých spolupracích, kontejnerizace různých nástrojů a shromažďování potřebného hardwaru pro podporu sítě BioML.

Z dlouhodobého hlediska bude možná další život zachraňující lék během příštího velkého propuknutí infekční choroby navržen s využitím síly PLEX, jeden decentralizovaný krok vpřed za druhým. Jak se ekosystém stále rozrůstá, ukáže to jen čas.

Děkuji Aishani Aatresh pro další výzkum a zprávy o tomto článku. Jsem zakladatelem SynBioBeta a některé společnosti, o kterých píšu, jsou sponzory Konference SynBioBeta. Pro více obsahu se můžete přihlásit k odběru můj týdenní zpravodaj.