Je Coronavirus v NYC metru? Jak utírat dveře a vlaky utváří boj proti COVID-19


Binární možnosti bitcoinů a etereum


Zprávy o koronaviru v přímém přenosu

New Yorkers vědí, že metro může být ošklivé, ale COVID-19 způsobil, že jízda po kolejích byla náročnější než obvykle.

Když píšu toto, New York City je zasažen těžší než kterákoli jiná metropole. Za posledních 24 hodin zemřelo na COVID-365 19 obyvatel. "Míra v příštích několika dnech [bude] nadále stoupat," řekl Francisco Moya, radní z New Yorku, Guardian.

Kolik je tam koronavirus? Jsou zábradlí, balíčky Amazon a tlačítka výtahu kontaminovaná? Jak bychom to mohli vědět?

Ukázalo se, že několik průmyslových odvětví - například komerční kuchyně a pivovary - se spoléhá na to, co se nazývá „environmentální řazení“ povrchů a kliky dveří. Dělají to proto, aby zabránily nebezpečným bakteriím a virům dostat se kdekoli blízko vašeho jídla. Odborníci nyní používají tuto technologii při hledání nového koronaviru.

Dnes ráno jsem mluvil se třemi takovými odborníky online radnice Hostil jsem, abych pochopil, jak můžeme sledovat a reagovat na koronaviry v našem vybudovaném světě. Cornell profesor Christopher Masonpřed tím se otřásl podzemním systémem NYC s překvapivými výsledky. Nyní s pomocí Twist Bioscience'' '' '' '' '' '' '' '' '' '' '' '' '' '' '' '' '' '' '' 'S Nástroje pro obohacení cíle NGS pro koronavirus, Chris vzorkuje systém veřejné dopravy, aby zjistil, zda a kde nový koronavirus sídlí. Chris byl v rozhovoru s Twist CEO Emily Leproustovou, stejně jako Josh Perfetto, zakladatel a CEO společnosti Chai Bio, díky čemuž jsou nástroje jako Open qPCR přístupné vědcům všude.

Zde je to, co museli říct.

Jak detekujeme viry v prostředí?

"Kamkoli jdeme, je živý ekosystém," vysvětlil Mason skvěle studoval zadek astronauta hledat rozdíly v mikrobech lidí žijících na Zemi i mimo ni. (Ano, dokonce i Mezinárodní kosmická stanice je domov pro různé bakterie.)

Mason odtrhl různé části metra v New Yorku od roku 2013. Jeho motivace? "Když moje dcera stárla dost na to, aby jezdila metrem, vlastně jednoho dne lízla tyč metra, ze které jsem se bála." Opravdu jsem chtěl vědět, co tam bylo. “

Mason je nyní součástí konsorcia vědců, kteří obměňují městské prostředí po celém světě. V roce 2019 nabili 9521 vzorků ze všech kontinentů kromě Antarktidy, z toho 647 vzorků z New Yorku. Vzorky se obvykle shromažďují jako snímek každé léto. V tomto roce byl výtěr zahájen brzy.

"Nemáme žádný dobrý a solidní důkaz, že v metru existuje SARS-CoV-2 [virus, který způsobuje COVID-19]," informoval dnes ráno Mason. "Zatím máme jen velmi omezený soubor dat, ale kolekce se zvýšila." Kolekce pro sledování SARS-CoV-2 začala před dvěma měsíci a rozšířila se na 59 měst.

"Hodně této studie zveřejníme na předtisk," řekl. Předtisky jsou pro vědce stále populárnějším způsobem, jak rychle sdílet svá zjištění, než se podrobí zdlouhavému procesu vzájemného hodnocení. "Doufal jsem, že to bude dnes online, ale pravděpodobně to bude pokračovat začátkem příštího týdne."

Po odebrání mohou být vzorky z prostředí zkoumány různými způsoby. V závislosti na tom, jak laboratoř provádí zpracování, může trvat 30 minut, tři hodiny nebo až tři dny, než se dosáhne výsledku. Vědci obecně zkoumají genetický materiál v daném vzorku a poté se pokoušejí zpětně spočítat, z kterých mikrobů nebo virů pocházejí. Pro detekci přítomnosti SARS-CoV-2 v podzemním výtěru je často používán tzv. Protokol RT-PCR. provedeno. Tento test trvá několik hodin a může dát definitivní odpověď na to, zda intaktní geny viru byly přítomny v době, kdy byl vzorek odebrán. Stejná technika se používá k detekci viru u pacientů.

„Největším nebezpečím otěru na veřejných místech je to, že si někteří lidé myslí, že právě shromažďujete vzorek, zatímco jiní si myslí, že jste odchodu něco, co může být technicky zločin. “

Syntetická DNA pro záchranu

Pro tuto práci jsou rozhodující spolehlivé kontroly. Aby Mason věděl, že jeho nástroje fungují správně a že jejich nálezům lze důvěřovat, spoléhá se tým na syntetické molekuly DNA vyrobené Twistem. Pokud tyto pozitivní kontroly nevydají signál, musí se něco pokazit uvnitř jedné ze laboratoří pro zpracování vzorků.

"Ve společnosti Twist jsme vytvořili platformu založenou na křemíku pro psaní DNA," vysvětlil Twist CEO Leproust. "Existuje celá řada aplikací." Jeden z nich je v diagnostice, takže můžete pochopit genetické složení vzorku. “

Zatímco široce používané testy RT-PCR dávají vědcům a odborníkům v oblasti veřejného zdraví jasnou odpověď ano / ne o přítomnosti viru, „dalším krokem je [to] možná budete chtít vědět, co přesně is ten virus - existují nějaké mutace v tom viru ve srovnání s tím, co je známo? “

Žádný vzorek životního prostředí (zejména jeden ze sedadla metra) není čistý. Každý tampón obsahuje spoustu mikrobů, z nichž většina je dokonale benigní. Lidské buňky se mohou ve zkumavce dokonce navinout. Aby Twist pochopil veškerý tento překrývající se genetický materiál a vylovil všechny nebezpečné virové informace, vyvinul Twist tzv. Sondu pro obohacení cílového koronaviru. Tento molekulární nástroj se chová jako magnet, přitahuje jen virové geny a během zpracování umývá lidský genetický materiál a další kontaminanty. Čistý efekt? Levnější experiment, který poskytuje spolehlivější výsledky sekvenování.

"Porovnali jsme koronavírus Wuhan versus australský koronavírus a v australské verzi chybí deset bází," řekl Leproust. Základny jsou jednotlivá písmena genetického kódu.

Vědci stále závodí, aby pochopili, co tyto změny ve virovém pravopisu mohou znamenat, ale nyní, Leproust říká, „můžeme to udělat v měřítku.“

Usnadnění detekce prostředí

Chai Bio zakladatel a generální ředitel Perfetto věří v tuto vizi, ale nechce, aby náklady stály v cestě. „Soustředíme se na snížení nákladů [RT-PCR] a jejich snadnější použití. Například máme lidi, kteří to používají v aplikacích pro bezpečnost potravin, v pivovarech, kde hledají organismy ničící pivo a kvalitu vody - na všechno pod sluncem. “

V reakci na globální pandemii se společnost Chai Bio rozšířila nové produkty a protokoly pro širokou detekci prostředí SARS-CoV-2 v prostředí. Patří sem vše potřebné ke sběru vzorků a provádění experimentů doma.

"Pokud to dokážete, můžete podniknout zmírňující kroky," řekl Perfetto, jehož výrobky jsou určeny pouze pro výzkumné účely a nebyly schváleny pro klinickou diagnostiku.

Stejně jako u infekcí koronaviry u lidí je skutečný rozsah šíření SARS-CoV-2 téměř jistě mnohem větší, než kdokoli dokázal změřit. Rozšířené vzorkování v životním prostředí by pomohlo osvětlit pravdu této pandemie.

Opravdu chcete vědět?

Vědět, které mikroby přetrvávají na klikách dveří a sloupech metra, může být trochu znepokojující. Když vědci v roce 2011 vyměnili náhodné místo v rychlém tranzitním systému Bay Area, našli spolu s cestujícími MRSA a další závažné patogeny rezistentní na antibiotika titulky. Někteří se cítili nuceni stát místo toho, aby seděli ve vlaku domů. Chris uznává, že lidé obvykle nechtějí vědět.

"Raději bych běžel spíše k informacím než od nich," říká. "Ale na konci dne je to osobní volba."

Ať už se jednotlivci rozhodnou důkladně prohlížet data, představují tyto testovací technologie důležité nové nástroje informované politiky veřejného zdraví.

Sledujte mě na twitteru na @ johncumbers a @synbiobeta. Přihlaste se k odběru mých týdenních zpravodajů v syntetická biologie.

Děkuji Ian Haydon a Kevin Costa pro další výzkum a podávání zpráv v tomto článku. Jsem zakladatelem SynBioBeta, a některé ze společností, o kterých píšu - včetně Twist Bioscience - jsou sponzoři Konference SynBioBeta a týdenní přehled - Zde je kompletní seznam sponzorů SynBioBeta.

Zdroj: https://www.forbes.com/sites/johncumbers/2020/03/28/is-coronavirus-in-the-nyc-subway-how-swabbing- outdoors-and-trains-is-shaping-the- bojovat proti covid-19 /